کرونامقالات

تشخیص کرونای انگلیسی با PCR

آیا انواع انگلیسی، افریقای جنوبی و برزیلی ویروس عامل COVID-19 را می توان توسط تست های PCR معمولی در آزمایشگاه های کشور تشخیص داد؟

طی چند روز اخیر که صحبت از تاید چند مورد از واریانت انگلیسی ویروس SARS-CoV-2 در چندین شهر کشور توسط وزارت بهداشت به میان آمده، یکی از سوالات اساسی در بین مردم و پزشکان این است که آیا این واریانت و سایر واریانت های جهش یافته از ویروس کرونا، توسط تست های PCR، موجود در آزمایشگاه های شبکه دولتی و خصوصی کشور قابل تشخیص اند و یا نیاز به تستهای خاص و روش های تکمیلی برای آنها وجود دارد.

پاسخ سریع به این سوال این است که “بلی”، هم واریانت انگلیسی و هم سایر واریانت های بوجود آمده از ویروس SARS-CoV-2، عامل COVID-19، در تمام آزمایشگاه هایی که مجوز انجام تست PCR این ویروس را دارند، همچون نوع کلاسیک (نوع ووهان یا چینی) تشخیص داده میشوند.

در حقیقت نوع انگلیسی یا سایر وارانت های نوظهور ویروس کرونا جدید، عمدتا در نواحی ای از ژن پروتئین اسپایک یا S ویروس دچار جهش شده اند، حال اینکه عمده کیتهای داخلی و وارداتی PCR (یا بطور دقیقتر RT-qPCR) ویروس کرونا نواحی دیگری از ماده ژنتیکی ویروس را شناسایی میکنند که در واریانت های جدید دستخوش تغییرات عمده نشده اند. بطور دقیقتر، در این کیتها حد اقل دو ژن از ویروس بطور همزمان تشخیص داده می شود، که عمدتا یا ژن های N و RdRp (Orf1/b) و یا E و RdRp می باشد. استفاده از تشخیص بیش از یک ژن ویروسی توسط کیتهای PCR دارای مزیت دیگری نیز است و آن این است که اگر به فرض در اثر جهش در یکی از ژنها، واریانت نوظهور جدیدی بوجود آید که کیت PCR نتواند آن ژن را شناسایی کند، ژن دوم توسط همان کیت شناسایی می شود و از نظر قوانین احتمالات بسیار بسیار غیر محتمل است که یک ویروس در آن واحد به نحوی در هر دو ژن مذکور دچار جهش هایی شود که پرایمر-پروب های واکنش RT-qPCR امکان اتصال به آن نواحی را نداشته باشند و ویروس بوسیله کیت غیر قابل شناسایی گردند.

نکته: در کشور فقط دو نوع کیت وجود دارد که بجای تشخیص ژنهای E و N از ژن S و RdRp استفاده میکنند، که در وهله اول اکنون آن کیت ها عمدتا استفاده نمی شوند و در عین حال در بررسی آزمایشگاه رفرانس کشوری کرونا در انستیتوپاستور ایران بطور عملی مشخص گردید، که حتی کیتهای مذکور نیز نواحی از ژن S را هدف قرار میدهند که در واریانت انگلیسی ویروس دستخوش تغییر نشده اند و این کیت ها نیز قادر به تشخیص نوع جدید ویروس می باشند.

از اینرو مردم و پزشکان معالج نباید نگرانی ای بابت عدم تشخیص واریانت های جدید توسط آزمایشگاه های سطح کشور داشته باشند.

حال یکی از سوالات اساسی این است که این اشتباه  از کجا شکل گرفت و اذهان را بخود مشغول نمود؟

علت این مشکل این است که اگرچه انواع جدید ویروس در آزمایشگاه ها بوسیله روش PCR تشخیص داده میشوند، ولی روش های PCR مورد استفاده فقط عنوان میدارند که فرد منفی است یا مثبت و علی رغم توانایی تشخیص ویروس کرونا در بدن یک فرد، نمیتوانند تمایز دهند که این ویروس از نوع کلاسیک است و یا واریانت انگلیسی یا افریقایی یا غیره. در واقع برای بررسی جهش ها و تمایز واریانت های این ویروس از یکدیگر نیاز به روش توالی یابی (Sequencing) و بویژه روش NGS است که روشی بسیار هزینه بر است و دستگاه های آن فقط در چند مرکز کشور وجود دارند.

زمانی که برخی از افراد مسئول می خواستند این مطلب را برای جامعه علمی و رسانه ها توضیح دهند، در انتخاب کلمات دقت ننمودند و این مساله منجر به “ایهام” گردید. به بیان دیگر مقصود این بوده که “روش PCR نمیتواند نوع انگلیسی را از نوع کلاسیک تمایز و افتراق دهد” و به اشتباه عنوان شده که “روش PCR نمیتواند نوع انگلیسی را تشخیص دهد”.

متاسفانه در این شرایط برخی از فروشندگان کیت های تشخیصی و نیز تعداد انگشت شماری از آزمایشگاه های کشور، با اهداف اقتصادی سعی در ماهی گریری از آب گل آلود نمودند و به این سردرگمی دامن زدند و عنوان داشته اند که کیت ها یا آزمایشگاه های مربوط به آنها، توانایی تشخیص انواع انگلیسی یا جدید ویروس را دارند. در حالی که با در نظر گرفتن مطالب اشاره شده در بالا، در می یابیم که اگر فردی دارای ویروس جهش یافته و جدیدی در بدن خود باشد، این ویروس در نمونه اخذ شده از آن فرد به راحتی در آزمایشگاه های دارای مجوز، بوسیله روش PCR تشخیص داده می شود.

با احترام

دکتر بهزاد خوانساری نژاد

دانشیار ویروس شناسی دانشگاه علوم پزشکی اراک